P1 = P6 = 1/2
p1 = 32/65536, p6 = 52/65536
q1 = 32/482, q6 = 52/482
m = 482, n = 65536 (←ほぼ同等の試行回数)
として、いくつかの k について上の (1)〜(4) を計算してみると

左から k, (1), (2), (3), (4) (in %)
24　　1.356470　99.976444　　1.296793　99.989585
28　　2.899738　99.835777　　2.932758　99.912961
32　　3.558272　98.864642　　3.666391　99.276683
36　　2.818193　92.577643　　2.826220　94.256427
40　　1.944782　64.113603　　1.830252　66.241093
44　　1.968315　20.376054　　1.885354　19.002865
48　　2.544772　 3.535886　　2.609991　 2.728631
52　　2.777340　 0.522293　　2.933708　 0.334284
56　　2.293161　 0.075148　　2.392508　 0.040087
60　　1.431252　 0.010771　　1.419183　 0.004795

(2) より (4) のほうが 50% から遠い数値であることと、
(1),(3) をグラフにしたとき、(3) のほうが
ハッキリしたふたつの山になっていることから、
この問題設定だと、
(3)(4) の (重複スイカ,総スイカ) の推定のほうが
(1)(2) の (重複スイカ,試行数) の推定より、やや優れている。

ただし、差はたいしたことないし、
P1=P6 としたこと、
「総スイカ数が m になるまで抽選」することにした、
とかの問題の解釈の任意性もあるから、そのへんはよろしく。