簡単にいえば「使い方が分からない」からだろ。
雇う側は自分が予測出来ない事をされることを嫌う傾向がある（大企業はちょっと違うが）。
だから専門学校卒の人は大卒よりも専門学校卒の方を理解しやすいから、そちらを優先する。
酒飲みの時に話が合わないってのもあると思うが。

正直、実務能力なんて後からどうにでもなるんだわ。
院卒だったら、指先の技術を別にすれば、マニュアル数冊読めば大抵の事は出来る。
それが逆に気に障るのかもしれん。
地質関係の技術職公務員が１０年かけて探し出した断層を、
ある専門家が空中写真を使って１分で見つけ出したら、
思いっきりふてくされたそうなｗ