で、scatterplot3dだと、ちょっとだけ工夫がいるけど、text()でOKみたい。
> dat <- matrix(rnorm(300), ncol=3)
> library(scatterplot3d)
> dat.3d <- scatterplot3d(dat,pch="")
> dat.2d <- dat.3d$xyz.convert(dat)
> text(dat.2d$x,dat.2d$y,1:100)
cexで重ならないように大きさを調整して、PDFに出せばOKだと思う。
っていうか、?scatterplot3dを読んだら即解決だと思うんだけど。