繰り返しのない2元配置ANOVAを、Rで多重比較したいのですが、できなくて困ってます。

pairwise.t.testだと対応のないｔ検定を繰り返すから間違いですよね。

ボンフェローニ法でやろうとおもうのですが、対応のあるｔ検定を
普通に群間で繰り返して補正すればいいのか、それとも対応のある
ｔ検定を行うときに全体の分散？をつかってくりかえすのか、分か
りません。田舎の本屋と図書館では限界があって助けてもらえませんか。