何がしたいのか分からんが、
AtamaTsukaeTako<-function(mat,r1,r2){
z<-rbind(mat[r1,]+mat[r2,],mat[c(-r1,-r2),])
z
}
> zz
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 4 7
[2,] 2 5 8
[3,] 3 6 9
> AtamaTsukaeTako(zz,1,2)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 3 9 15
[2,] 3 6 9

こんなんか？