処理内容がわからないのであてずっぽうですが
そのくらいだったら直接Ｒ使わないで一旦行列演算ライブラリでマルチスレッド化したほうが良くないかな？
その結果をユーザースレッドＩＤ付きでＲのデータスペースに戻してきてＲで処理した方が効率的な気がする。
まあ作る手間とのトレードオフだけど。