よくわからないんだが、
\documentclass{jsarticle}
\def\Matrix[#1]<#2><#3>#4{%
\arraycolsep=#2mm%
\renewcommand{\arraystretch}{#3}%
\left(
\begin{array}{#1}
#4
\end{array}
\right)
}%
\begin{document}
$\Matrix[rrl]<1.2><0.8>{1 & 2 & 3 \\ 3 & 4 & 5}$
\end{document}
ではまずいのか？
あまり良い定義じゃないけどな