>>304 さん
「一度試料を叩いたビームが対物レンズに戻りさらに試料付近を叩く」との事ですが、
視野に試料台があるのでしょうか？

EBSPであればX線でしょうから、電子線があたらなければ発生しないのでは？
視野に試料台があるのなら計測の問題でしょうし、無ければ電子線の有無に関わらない問題の気がします。

また、対物レンズに反射電子として電子がレンズ内に戻ってきても
反射電子のポテンシャルをはね返して視野と別の面を叩くのは難しいのでは？

素人目にはGUNの差はエミッションの安定度の差で、
そのためサーマルが分析に進められているというイメージを持ってます。