ハードディスクの有効活用！

互換機マシン2G（クロックは233）と外付けHD8G使ってます。
2GのほうにはＯＳとドライバ関係のものやブラウザなどを入れて、
8Gの方にその他諸々のアプリをつっこんでます。
※本体2Gを常時1Gはあけておきたいためです。

つい最近、8.1から8.6にあげてみたんですけど調子がわるくて
困ってしまいました。これを機に、いじってみようと思うんですけど、
いまの設備のままでもっとまともに動くようにするにはどうしたら
いいでしょうか。こんなやりかた変？
どなたか教えて下さい！