El Capitanというより、Microsoft Officeの問題なのかもしれないが。

図を含むWordやPowerPointの書類をPDFとして保存し、
PreviewでPDFとして再度保存し直すと、見た目は問題ないが、
文字として認識できなくなってしまう。
（文字をコピーしてTextEditなどにペーストしても、日本語文字にならない。
半角の英数字は正しく認識される。Acrobatで開いてコピーペーストすると、
日本語が全て宇宙人文字になる。）
印刷メニューから「PDFで保存」しても同じ。

WindowsのOfficeでPDFとして保存した書類でも同じ現象がみられるが、
Officeで作成したPDF以外のものでは、このようなことはない。
Yotemiteでも同じ現象が起こるが、Snow LeopardのPreviewでは
一部文字化けするものの、全てが読めなくなることはない。

何らかの理由で文字コードの情報がおかしくなっているのだろうけれど、
どう解決したらいいのやら。