OS X El Capitan 最新ver なんだけれど外付けSSDの一つが刺し直さないと本体に認識されません。つまり OSの再起動をするたびに刺し直す必要があります。

ディスクユーティリティでOSX向けにフォーマット済みであとは問題ないです。SSDはバラ売りのを買って安いケースに入れて運用しています。この場合何をすればいいでしょうか。