クリーンインストールの意味が分かってないみたいだけど
バックアップしたシステムファイルを戻してたら意味が無いでしょ。

普通に再インストールしてすべての設定を再設定してクリーンインストール。

せいぜい戻してもターミナルやテキストエディットやサードアプリのplistくらい。
設定が面倒なら、再インストール前にアプリのウインドウや設定のスクリーンショットをとっておけば後で設定も楽だよ。