俺、そのTimeCapsuleのバグ？と同じ症状出たことあるけど
バックアップ対象からTimeCapsule自体を除くと同時に、
セキュリティソフトの監視対象からも外して解決した
（してるつもりなかったけどデフォルト設定がそうなってた）
後者もやらないとなんか変な無限ループにはまってバックアップが進まなくなった
同じ症状なだけで原因は違うのかもしれないけど