>>685
El CapitanになってUSBの設定方法がガラリと変わって、さらに10.11.1で修正が施されている。
でも完全にテストしきれていないのかUSB 3.0に2.0しか繋がらない、3.0しか繋がらない、
もしくは全く繋がらないなどの事例が発生している。
IOUSBHostFamily.kext/Contents/PlugIns/AppleUSBEHCIPCI.kext/Contents/Info.plist
IOUSBHostFamily.kext/Contents/PlugIns/AppleUSBXHCIPCI.kext/Contents/Info.plist
あたりの記述が間違っている可能性がある。DSDTが見られるならポートアドレスを確認して、
訂正すれば動くかもしれない（SIPを無効にしないと編集できないけど）

もしくは、アップルにレポートしておけば10.11.2で直ると思う