Karabiner-Elementsの外部日本語キーボード誤認識についてだけど、
githubのissues（https://github.com/tekezo/Karabiner-Elements/issues/278）に書いてある方法を参考に、version 0.90.55をrebuildしたら、
USB接続の日本語キーボードはJIS配列として認識できる。OSのキーボード設定アシスタントはKarabiner-Elementsをアンインストールしない限りエラー出るけど、実質上は問題なし。
具体的には、/src/share/hid_system_client.hppの
８８行目　event.key.keyboardType = 0;
を
event.key.keyboardType = 45;
にすればよい。
version 0.90.46を使ってもいいんだけど、jsonファイルを手打ちしなくて良いのでこっちのが楽かな。