起動パーティションにあるもの(当然読み書きにともなってリアルタイムスキャン実施)を
TimeMachineの宛て先パーティションに書き込むのだから
起動パーティションをフルスキャンやリアルタイムスキャンの対象にしていれば
TimeMachineの宛て先パーティションをそれぞれの監視対象から外すのは
定番だと思っていたのはわしだけ？

VirexだかVirusBarrierを使っていたときにTimeMachineをぶちこわされた経験がある
使えなくなったので確認できないがSophosは既定で除外対象にしていたような気もする