上記のような状態でしたが、もう一度やり直してみようと思って、デスクトップ上でappbundler版に
APIパッチとMOD化のパッチをあてて、やはりダメなんだなぁと確認を終えて、それらをゴミ箱に捨て
たら、なぜか「開いてもよろしいですか」ダイアログは出なくなりました。不思議ですが、結果おkです。