>>289
>イメージキャプチャ.appで取り込んだ写真との重複をなくす
iPhoto.appを起動してiPhoto内から重複する写真を手動で削除することにより重複はなくなる
ただし、自動で識別がなされるわけではないのであなたの目と記憶で判断して消す必要がある

これでご理解頂けたでしょうか

また、他の人も書かれていますが、iPhotoは自動管理だけどイメージキャプチャは
単なる取り込みソフトなので、保存場所も含め自分で全て管理する必要が生じます

おまけ
・iPhotoの連動を解除する
iPhoto 9.5: カメラをコンピュータに接続したときの動作を変更する
http://support.apple.com/kb/PH15259?viewlocale=ja_JP