トラックパッドがマルチタッチを認識しなくなる現象は、ググってみると多くの報告があるけと、ここの人はないんですね。

ちなみにBetterTouchToolとJitouch2でカスタマイズしてます。

Safariにプラグインを入れすぎなのかなぁ、今は4つくらいしか入れてないけど。