>>144
質問者のやりたいこととは違うかもしれないが、当方1台のHDDに
二つのパーティションを作って（仮にMtLionとYsmtとする）、それぞれに
別のOSを入れている。で、外付けのHDDの同じパーティションに
TimeMachineを設定しているが、同じ時刻でMtLionとYsmtそれぞれの
フォルダが作られバックアップされている。

ただし、実際にTimeMachineを使って復旧作業したことはないし、仮の
パーティション名で想像できるようにSnowLeopard環境ではない。
TimeMachine以外の方法でバックアップを作っておいて、試してみたらどうか。