iCloud Drive のストレージって、例えば保存したいファイルをそのまま Finder で
iCloud Drive を開いて、ドラッグアンドドロップでコピーするだけでいいの？

それともシステム環境設定のiCloud Drive オプションにないアプリのファイルは
むりですか？

希望はファイルメーカーのファイルの保存です。