うーん、特に設定は必要ないと思うのですが…

こちらの環境はOS X 10.9.5、Designer 1.3.5です。入力補助ツールの類は入れていません。
US／日本語（かわせみ）モード双方、Cmd押下でシェイプはすべて中心からの描画になります。

ただし、Pixel Personaの選択ツールには利きません（要改善ですね）。