FCPXのデータライブラリ内に
__SYNC__
という0B容量のファイルがあります。

複数ライブラリがありますが、
すべてありますね。

これって削除すると致命的な損傷を起こすのでしょうか？

オンラインストレージに、
ライブラリをアップロードしようとすると、
このファイルがどうしても失敗してしまいます。