>Thunderboltは現行のPCIeよりも高速なんだろ？

いや、Thunderboltは片方向でPCIeの4xと同じ速度。Thunderbolt2でもその倍だからPCIe 8x相当。
PCIe自体は、現行で16xの第3世代(Gen3, PCI Express 3.0)で片方向16.0GB/secなので、
まだまだPCIeの方が高速(というか帯域幅が広い)よ。