plistを消すと言うか上書きしてしまうんだよね。
あらゆる所で問題が起きてる。
VMのウインドウサイズが固定出来ないのもそれが原因だろうし、アプリの設定をもどしてもどこかしらバックアップされてたであろうplistで上書きしてしまう。
iTunesのステータスバーを表示しても再起動すると消されるのもその辺が問題だろう。
さらにMavericksではTime Machineの動作後のアクセス権に変更があったりほかでもアクセス権に違いがあるので何が正しいのか間違いなのか訳がわからなくなっている。