連絡先やiCalなどのiOSデバイスとの同期がiCloudのみになって
iTuensでiOSデバイスと同期するのは不可になったという話かな?

ここでお願いしてもアップルさんの耳には届きませんって。

PDFもepubもiTunesでは管理できなくなったというのはそのとおり。
PDFもepubもiBooksで管理してiTuensはiOSデバイスに転送するだけです。
jpegやmp4などをiPhotoで管理してiTuensでiOSデバイスに転送するのと一緒。