>>459
バージョンを削除する際に、オリジナルも一緒に消すかどうかを聞かれます。
その際に、バージョンしか消さなければ、オリジナルはライブラリの中で
置いてきぼりとなります。この状態はご指摘の通り、ライブラリの中には
オリジナルが存在するけど、Apertureでは表示されない状態となりますね。

それを見つけて削除するには、Apertureライブラリの中にオリジナルを読み
込ませる運用方法のままだと、ライブラリのパッケージ内容を開いてから
削除する事になるので、かなりの手間がかかりますし、再度同じ問題が発生
する可能性もありますね。

Apertureは参照データで運用する事で、最大の効果が有ると思っています。
ライブラリをバックアップした上で、ファイル→オリジナルの場所の変更
を行うことで、オリジナルをライブラリの中から参照形式へと運用を変える
事ができます。
数個のプロジェクトでまずは試してみてください。