Appertureのファイル管理について教えてください。

私は普段は撮影した写真をLightroomで管理しています。
Lightroomでは、デジカメと、妻と私のiPhoneで撮影した写真を管理しています。

iPhoneと写真を同期するときはApertureの方が相性が良いので、Apertureを使っています。
LightroomでiPhoneに転送したい写真を書き出し、Apertureで読み込むのですが、たまに読み込まないファイルがあります。
色々とApertureを使ってみると、“重複したファイルを読み込まない”にチェックを付けていたためだとわかったのですが、Apertureではファイル名のみで重複を確認しているのでしょうか？

私も妻もiPhoneを使用しているので、当然同名のファイルがたくさんあります。
“重複したファイルを読み込まない”のチェックを外して、同名のファイルを読み込ませても、問題は起きないのでしょうか？

よろしくお願いします。