ちょっと手間になるけど
まずiPhotoの写真を全部apertureに参照使って読み込ませてから
統合(でいいんだけっけ？)してみたら？
apertureに全部の写真が取り込まれたのを確認したらiPhotoライブラリを削除。
次のiPhoto起動時にApertureのライブラリを選択。