>>75
似たような状況になった。
その症状に該当するプロジェクトが幸いひとつだけなので、プロジェクト内のマスターを適当なフォルダ作って書き出す。
書き出したマスターをapertureに新たなプロジェクトとして読み込んだら解決したよ。