finderで消したいファイルを表示させてからタイムマシンに入って
消したいファイルを選択してから、フォルダウィンドウ上部にある
歯車アイコンをプルダウンして、バックアップを削除か
すべての・・バックアップを削除を選択

ちょこちょこ書き変わっているファイルは削除で消えやすいけど
ずっと変わらないファイルは、単に削除してもリンクを外すだけで
実ファイルは消えにくいから、容量も減りにくい。