直捨ては問題が起こったり，なぜか全部消えたりすることがある。
Time Machineに安全に消す方法が備わってるんだから，わざわざ
手動でやる必要ないでしょ？

ちょっと検索すれば↓とかでも紹介されてるし
http://inforati.jp/apple/mac-tips-techniques/system-hints/delete-a-unnecessary-file-from-mac-time-machine-back-up.html