ファイル直接削除はマズいけど、タイムマシーンに入ってFinderのアクションメニューから
「バックアップを削除」を選択して削除する方法なら大丈夫じゃない？

他にも必要ないバックアップは、同じようにTime Machineを起動して削除したいデータを選択後
アクションメニューから「すべての・・・のバックアップを削除」を選んで消せるよ。