TimeMachineの中の人は、実際にはAFP(Appleファイル共有)を使用している。
だから、インターネット越しでもファイル共有(AFP/SMB/NFS)でのアクセスが
苦にならない接続環境であれば、TimeMachineの利用も可能だと思う。
でも普通は(ファイル共有だと苦しいから)FTP/SSH/WebDAVを利用するのでは？