Holux M-241とiMac 2006初期型（2Gバイトメモリー）で使ってますが、
GPXデータは正常に読み込めました。6時間ぐらい房総半島を1周したデータで、
myTracksで読み込んで、不要な部分をカットしてから、GPXファイルに
出力したものです。

不要な部分は例えば、ドライブインに入っていた時間帯で、GPSデータが
めちゃくちゃになっていた部分です。トリミングしてファイルを分けたら
どうでしょうか？