iPhotoで扱う画像はiPhotoが管理する。
あなたにとってはメリットとは思えないようだが、
これはメリットです。

使ってみれば管理の楽さに気づくはず。
iPhotoから任意のファイルを出したいときは、
iPhotoウインドウからD&Dでデスクトップに出せば
ふぁいるがコピーされます。

通常はiPhotoのライブラリをユーザーが開くことはありません。