10.3.9以降生成されるplistはバイナリ化されているよ。
10.3.9にアップグレード後にSafariのブックマーク変換ツールが使えなくなったりした。
そのplistは10.3.9以降新規に作成されたものじゃないんじゃないかい？

plutil コマンドを使って
plutil -convert xml1 path でバイナリからxmlに変換
plutil -convert binary1 path でxmlからバイナリに変換