あれ? >>604 にはレスがついていない?
原因は、おそらくパーミッションの変更ではなく /sw/etc/fink.conf の破損。

おそらく初心者向けの雑誌でも読んで pico を使って編集したんだろうけど、
pico はテキストファイルに自動的に改行を挿入してしまうため、
長い行 (文字数の多い行) が変に折り返されてしまい、
プログラム側から読めなくなってしまうことがある。

/sw/etc/fink.conf のバックアップを取った後で、mi なり テキストエディット
なりを使って、不自然そうに見える箇所をきちんと編集し直すこと。
わからない場合、ＦＩＮＫスレに /sw/etc/fink.conf の内容を貼付ければ、
おそらくネタがなくて静かな住人が応対してくれるでしょう。