雑誌でみたDockの隠し設定をONにするターミナルコマンドを入力すべく、
ターミナルを立ち上げたところ、入力前からなんだか変です。(OS X 10.3.3.)

その隠し設定をONにできたマシンだと、ターミナル起動直後は

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welcome to Darwin!
user:〜user$             になっているのですが、ダメなマシンでは

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-bash-2.05b$            となっています。

bashという単語がなにやらキーワードだと思ってぐぐってみたところ、
「bashの設定ファイル」http://www.ctt.ne.jp/〜nashorn/terminal/bashrc.html
などをみつけて読んでみたものの、いまいちわかりません。

ダメなマシンは古いマシンのためHDDの容量に制限があり、そのためBSD追加システムをインスコ
していません。これが原因で結果は「できない」なのでしょうか?

したいコマンドは「defaults write com.apple.dock pinning end」というものです。

※ Safari環境のため半角チルダが全角チルダに化けると思います