メニューバーは上で良いんじゃないか？
わざわざクリックして選ぶのは最初のうちだけ。（慣れたらショートカットキーでやるだろ、普通。）
ショートカットキーで済ませる項目は殆ど不要で、各ウィンドウに同じ不要なメニューがあったら邪魔だろ。上に一つだけある方が占有面積が少なくて済む。
（メニューバーを隠すオプションでも付いてればいいのか？）