>>594
ごめんなさい、Emacsに限らずX11全般(?)でです(._.)

>>595
X11の環境設定で、「システムのキーボード配列を使用する」と
「X11のキーボードショートカットを使用する」をオフにしてみました。
その上で、~/.Xmodmapに
clear Mod1
keycode 66 = Meta_L
add Mod1 = Meta_L
とか書いてみたんですが、シェルやらEmacsでメタキーになりませんでした（＞＜）
(↑の設定で、オプションキーは設定前のコマンドキーと同じ挙動になりました…)