>>32
マルチ音声トラックのaviの話だと思ってたけど
２つのaviファイルからビデオと音声を取り出して
１つのaviファイルにするということかな？
ビデオと音声のコーデックが分からないことには
なんとも言えないけど、一応、出来る可能性はある。

transcode -i input_en.avi -o video.avi -P1 -y raw,null
または
mencoder input_en.avi -o video.avi -ovc copy -nosound
または
ffmpeg -i input_en.avi -vcodec copy -an -f avi video.avi
でビデオを取り出し。

transcode -i input_ja.avi -m audio.mp3 -P2 -y null,raw
または
ffmpeg -i input_ja.avi -vn -acodec copy -f mp3 audio.mp3
でmp3を取り出し。
mp3でなければコピーじゃなくてmp3にエンコした方が無難。

あとはビデオと音声を結合。
avimerge -o output.avi -i video.avi -p audio.mp3

ffmpeg -i video.avi -i audio.mp3 -vcodec copy -acodec copy -f avi output.avi
でも結合できるけどffmpegはちゃんとしたaviを作らないので
あまりお勧めできない。
mencoder output.avi -o output_reidx.avi -idx -ovc copy -oac copy
とやっても直しきれない場合がある。