システムが標準で圧縮屋解凍出来るのはzipファイルですから、失敗してるのは
zipだけだとおもいます、Zipの解凍をStuffitに関連づけてやればダウンロード後の
解凍するときにもStuffitが使用されると思います。

関連付けは、情報ウインドウで「このアプリケーションで開く」から
すべてを変更すればいいはず。