>Mac OS X v10.3以上の環境でATOK16をご使用の場合、ATOK16
>環境設定で[入力モードの継承]の設定を行うことはできません。これ
>は、OSの仕様変更に伴うものです。
http://faq.justsystem.co.jp/faq/1003/app/jsfaq.jsp?22396+0209

だそうです。
「仕様変更について行けません」が正しいような気がするが…