ある意味で理想のソフトだと思うので、そのものは無いと思うんですが、
テキスト（またはhtml)を紙の資料を読んでいる時のようにマーキング（アンダーラ
イン）したり、メモや注釈を書き込んだりできるようなものはないでしょうか？
保存は独自形式でも良いです。
あと、2chブラウザAmazon版みたいな、Amazonの検索・情報整理などが出来る
ソフトもあるといいんですが…。