パッドに関する私見ですが、OSXの場合は
・HID Managerに認識されているか
　されていなければアウト。
・各エミュレータの設定ダイアログでちゃんと設定しているか
　「差しただけで使える」と思ってる方がたまにいます。
・各エミュレータがHID Managerからの情報をうまく処理できているか
　この辺はOSでなく作者さんの手作業なので、動きがおかしい場合は報告するのがよろし。
OS9以前の場合、よく覚えてないですが、確か
・InputSprocketに認識されているか
・InputSprocketの設定ダイアログでちゃんと設定を確認しているか
　何もせずとも大ざっぱに自動設定されてたと思いますが、
　ものによっては的外れな設定にされてしまうこともあるようです。
あたりではないかと。