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自分はこうしてます。
毎日使うもの … ドック。
1週間に1回くらい使うもの … Finderのツールバー。
その他 … ドックにアプリフォルダ。
右クリックが嫌なら長押しもいけるよ。

あと、自分はやっていないけど、
OSXでもデスクトップ上にエイリアスならべるのって
だめなのかな？ごちゃごちゃするかな。
でも、エクスポゼがあるからウィンドウを開いていても、
デスクトップにすぐにアクセスできるので便利そうではある。