順番はその通りなの？
01-2004-06-21.wav = 01　song1.wav
02-2004-06-21.wav = 02　song2.wav
という事？
て言うか、共通する部分が有れば良いけど。
だったら可能だよ。

やり方としてはまず、元ファイル名をリストに取って、
変更したいファイルネームの入ったファイルを開いて、リストに取って。
んで、共通する部分でsortして、
リピートして名前変えて行けば良いんじゃん？

漏れだったらperlだな。