>>724 さん
私が行ったことをを順番に書きますね。
この方がわかりやすいかも。

HDDをUFSでフォーマット後、Pantherを新規インストール。
↓
強制リブート。
↓
CD２枚目を入れて、インストール終了、管理者設定。
↓
Windows2000から接続を試みる（Pantherを何も触っていない）
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コネクションが確立し、homeディレクトリが見える。ファイルコピーもできる。
↓
PantherのFirewallをオンにした。
↓
やっぱり、homeディレクトリは見えたまま。ファイルコピーもできた。
↓
Pantherリブート、Windows2000もリブート。
↓
現象発生せず。

ここまでです。
手動リブート以降は、現象発生していません。