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swapの場所を変えてるのは関係ない。

/ 以外のパーティションをどのようにマウントするようにしてるかが問題。

swapの場所を変えてても、/etc/rc に
mount_hfs /dev/diskNsN /var/vm
を書く方法でマウントしているのであれば問題ない。

なんたらという簡易ツールは/etc/fstab にマウント方法を書いてくれるらしくこの場合問題が出る。